Silveira Neto Posts
Click here for the HTML5 demo in Javacript.
Two numbers p and q are twin primes if they are primes and |p – q | = 2.
The Ulam spiral, discovered by the mathematician Stanislaw Ulam in 1963, is a simple method to visualize prim numbers. Put the natural numbers in a spiral and draw only the ones which are primes.
In the visualization below, I’m drawing the prime numbers in two shades of green. Twin primes in light green and regular primes in dark green.
The “vortex effect” is created because every twin prime is followed by its twin two steps before in the spiral. Below the same image with the zoom in the center:
In the HTML5 demo in Javacriptthe spiral is draw dynamically in a image (warning: it can be a little bit computationally intensive for your machine). You can play with the source-code on Github, and change the parameters. If you are looking for a plain ulam spiral, here it is one.
Update (May 30, 2013): This post was featured on the Blog of Math Blogs.
Update (November 25, 2013): I created a standalone Github project for this code.
https://github.com/silveira/ulam
Photo taken using the Nintendo 3DS stereo cameras and converted to GIF using 3dporch.com.
Merging n lists of size k, using two different approaches.
Eu estava procurando algumas plantas para dar um tom de verde e  de vida no ambiente do apartamento.
Como esse é um tema novo pra mim eu pesquisei um pouco e acabei me deparando com a palestra “Como plantar seu próprio ar fresco” do pesquisador Kamal Meattle no TED. Decidi procurar as plantas que ele recomendou:
- Chrysalidocarpus lutescens ou Dypsis lutescens, conhecida no Brasil como areca-bambu ou palmeira de jardim.
- Sansevieria trifasciata, conhecida no Brasil como espada-de-são-jorge.
- Epipremnum aureum, conhecida no Brasil como jibóia.
Elas não só purificam o ar como também são fáceis de cuidar e eu estava especialmente interessado nessa segunda caracterÃstica já que eu estava procurando algo tendo em vista que:
- Durante muitos dias eu tenho pouco ou nenhum tempo disponÃvel pra cuidar das plantas.
- Tenho somente uma entrada de iluminação direta do sol no apartamento e essa fica numa janela que também é onde fica o ar-condicionado e o aquecedor. Não há varanda ou parapeito. Também não é possÃvel colocar as plantas por fora da janela.
- 4 estações bem distintas passando por um verão escaldante com o sol se pondo depois das nove até um frio glacial com o sol de pondo as 4:40. Durante uma parte do ano muito pouco sol e aquecedor ligado e em outra parte do ano muita lista mas ar-condicionado ligado.
- Baixa umidade.Â
Eu acabei escolhendo uma Epipremnum aureum, conhecida nos EUA como “Money Plant” (planta do dinheiro) ou “Pothos”, e uma Chlorophytum comosum, conhecida no Brasil como clorofito e nos EUA como “Spider Plant” (planta aranha). Essa minha clorofito é da variedade Variegatum que tem as folhas verde-escuras. Cada uma custou uns US$ 12 (hoje aproximadamente R$ 24).
Elas estão sendo bem simples de cuidar e tem sobrevivido muito bem nas condições que eu descrevi acima. Recentemente eu tive que viajar por duas semanas e tive que deixar elas sem água. Antes disso eu também tive que deixar elas em um ambiente com pouco sol porque eu estava cuidando por uns dias de uma gata e essas duas plantas são tóxicas para gatos. A jibóia ficou um pouco fraca e com algumas folhas amareladas mas uma semana de volta aos cuidados normais ela voltou ao normal. Já a clorofito ficou ótima, nem parece que ficou sem cuidados, e até cresceu um pouco. É uma planta realmente muito forte. Eu até tenho visto a variedade
O resultado de cuidar dessas plantas já foi sentido no momento que elas entraram no apartamento. O verde que elas trouxeram já mudou completamente o ambiente. Eu já nem sei como eu vivia sem plantas aqui antes. Essas duas estão em potes em uma superfÃcie plana perto da janela mas também poderiam estar em potes suspensos. Os próximos passos são experimentar outros métodos que permitam cultivar algo comestÃvel como tomates e experimentar montar uma Window Farm (fazenda de janela) :D.
Então, fica aà a dica, se estiver procurando uma planta fácil e bonita para cultivar dentro do seu apartamento com condições iguais as minhas ou provavelmente melhores, ficam essas dicas.
This:
i\hbar\frac{\partial}{\partial t}\left|\Psi(t)\right>=H\left|\Psi(t)\right>
Produce this:
$latex i\hbar\frac{\partial}{\partial t}\left|\Psi(t)\right>=H\left|\Psi(t)\right>$
If you are seeing a complicated math formula in a image then it worked.
Um belo dia eu lembrei que eu adoro quadrinhos e que por ventura eu estou morando nos Estados Unidos onde por acaso esse tipo de obra é acessÃvel. Me sentindo feito um babaca trancado num quarto escuro num dia de sol eu resolvi dar uma chance aos quadrinhos daqui. Mais especificamente aos quadrinhos de super-heróis.
Apesar de eu gostar mais de quadrinhos europeus e nipônicos, eu já li alguma coisa de quadrinhos americanos, de Disney a Will Eisner, só que eu sempre ignorei os de super-heróis. Sempre achei difÃcil levar a sério alguém com super-poderes desproporcionais ou com cueca por cima da calça. Foram as adaptações pro cinema (sobretudo o Watchman do Zack Snyder e os Batmans do Christopher Nolan) que me despertaram a curiosidade de ler quadrinhos de super-heróis outra vez.
Dito isto, eu deixo claro que sou um aventureiro neófito no universo dos quadrinhos de super-heróis. Assim como eu não acho crÃvel as pessoas cantarem e sapearem no meio da rua mas faço um concessão poética ao assistir musicais eu farei uso do mesmo artifÃcio para aceitar os super-poderes e uniformes dos super-heróis. Munido disto eu fui procurar por onde começar e todos os dedos apontaram numa pilha de tÃtulos que incluem o tal Superman: Red Son de Mark Millar.
Todo o rico enredo parte da premissa “E se o Super-Homem tivesse crescido na União Soviética?”.
Não é uma premissa nada absurda se você lembrar as circunstâncias que o Super-Homem chegou à Terra. Você provavelmente sabe que o Super-Homem, então um bebê alienÃgena chamado de Kal-El vindo do planeta Krypton, ele chegou por aqui em uma cápsula espacial. Onde essa cápsula espacial caiu? Nos Estados Unidos, mais precisamente no Kansas na cidade de Smallville. Mesmo uma pequena diferença no ângulo de entrada na atmosfera ou na velocidade da nave, fariam toda a diferença. No caso do Superman: Red Son, a capsula caiu na União Soviética.
(Já parou pra pensar que o Super-Homem, o herói dos Estados Unidos da América, é um imigrante ilegal? Não tem nada a ver com Red Son mas foi algo percebi durante a leitura.)
Eu vou me abster de qualquer detalhe além dessa premissa para não ir além do que já está explÃcito na capa ou nas primeiras páginas. Eu posso garantir que as consequência da premissa exposta acima vão muito além do uniforme do Super-homem. Eu também posso revelar que essa é a história em quadrinhos de super-heróis mais alucinante e inteligente que eu já coloquei as mãos até hoje. O roteiro é só envolvente e cheio de sacadas geniais. Há muitas referencias ao universo dos super-heróis, eventos polÃticos, e auto-referencias que você precisa ler novamente pra perceber (e ainda assim sem estragar a primeira leitura). E tem um final… um final, que eu só posso fizer que o final é capaz de explodir sua cabeça e espalhar seus miolos por toda a sala.
A edição de capa de papel tem 160 páginas (podia ter muito mais) e custa cerca de 12 obamas. Há também uma edição de capa dura para colecionadores que eu muito provavelmente serei obrigado a comprar. Há também uma versão em “revista em quadrinhos animada” (um espécie de desenho animado com defeitos de formação) mas eu recomendo você ir direto pro quadrinho. Isso só mostra a plasticidade dessa história e como é possÃvel adaptar ela para outras mÃdias. A história é tão rica que poderia ser quebradas em várias outras obras. Kick-Ass, outro quadrinho do Mark Millar já foi adaptada para o cinema antes.
Superman: Red Son me mostrou que quadrinhos de super-heróis podem ser bem mais do que eu pensava antes. É uma obra com começo meio e fim, e fechada em si própria, ela é suficiente para ser lida mesmo que você, assim como eu, não conheça muito sobre o universo dos super-heróis. O traço e as cores são lindos também. Eu recomendo muito que você coloque as mãos em um exemplar e permita sua mente explodir também.
In order to help me to take decisions about which class to take every semester I did a web scrapping from the graduate and undergraduate bulletin. For every class I could get classe name, prerequisites, credits, teacher, program, description, etc, in a formated tabular document.
Using Python CSV library I could read the tables and parse the data to other formats. One format very useful to handle graph structures is the DOT language script (included in the Graphviz project), in which you can describe both the graph structure and the elements of the graph layout.
Here is the Python source-code to convert the tables to graphs at Github.
The final result (click to view in full size):
Limitations and comments:
- Prerequisites are only displayed using AND logic. It’s not showing other logics as OR (equivalent classes).
- Errors may exists due to the scrapping process, conversions, or in the errors in the original source.
- In the sources there is also a function to convert the graph in Dracula (a JavaScript interactive graph representation) but the current result is too tangled.
Perl is a widely used language in bioinformatics. As I already experimented Python and Biopython for handling a few simple bioinformatics tasks I will now try Perl and Bioperl.
Install on Ubuntu 11.10 (oneiric)
Perl already comes with Ubuntu. Bioperl can be installed (without CPAN):
$ sudo apt-get install bioperl
After the installation on have several tools in your PATH:
bp_aacomp, bp_biblio, bp_biofetch_genbank_proxy, bp_bioflat_index, bp_biogetseq, bp_blast2tree, bp_bulk_load_gff, bp_chaos_plot, bp_classify_hits_kingdom, bp_composite_LD, bp_das_server, bp_dbsplit, bp_download_query_genbank, bp_einfo, bp_extract_feature_seq, bp_fast_load_gff, bp_fastam9_to_table, bp_fetch, bp_filter_search, bp_flanks, bp_gccalc, bp_genbank2gff, bp_genbank2gff3, bp_generate_histogram, bp_heterogeneity_test, bp_hivq, bp_hmmer_to_table, bp_index, bp_load_gff, bp_local_taxonomydb_query, bp_make_mrna_protein, bp_mask_by_search, bp_meta_gff, bp_mrtrans, bp_mutate, bp_netinstall, bp_nexus2nh, bp_nrdb, bp_oligo_count, bp_pairwise_kaks, bp_parse_hmmsearch, bp_process_gadfly, bp_process_sgd, bp_process_wormbase, bp_query_entrez_taxa, bp_remote_blast, bp_revtrans-motif, bp_search2BSML, bp_search2alnblocks, bp_search2gff, bp_search2table, bp_search2tribe, bp_seq_length, bp_seqconvert, bp_seqfeature_delete, bp_seqfeature_gff3, bp_seqfeature_load, bp_seqret, bp_seqretsplit, bp_split_seq, bp_sreformat, bp_taxid4species, bp_taxonomy2tree, bp_translate_seq, bp_tree2pag, bp_unflatten_seq
You can try to import a Bioperl module to check if everything is working properly.
#!/bin/perl -w
use Bio::Seq;
Writing a nucleotide sequence to a FASTA file
#!/usr/bin/perl -w
use Bio::Seq;
use Bio::SeqIO;
$seq_obj = Bio::Seq->new(-seq => "gattaca",
-display_id => "#10191997",
-desc => "Example",
-alphabet => "dna" );
$seqio_obj = Bio::SeqIO->new(-file => '>sequence.fasta', -format => 'fasta' );
$seqio_obj->write_seq($seq_obj);
The output in the sequence.fasta created will be:
#10191997 Example
gattaca
Reading a Genbank file
Opening the same example I used last time (Hippopotamus amphibius mitochondrion, complete genome).
#!/usr/bin/perl -w
use Bio::Seq;
use Bio::SeqIO;
$seqio_obj = Bio::SeqIO->new(-file => "sequence.gb", -format => "genbank" );
while ($seq_obj = $seqio_obj->next_seq){
print $seq_obj->seq,"\n";
}
Online Querying Genbank
With Bioperl is possible to programmatically query and retrieve data directly from GenBank. For example, to retrieve the same mitochondrial genome from the Hippopotamus I used in the example above.
#!/usr/bin/perl -w
use Bio::DB::GenBank;
use Bio::DB::Query::GenBank;
$query = "Hippopotamus amphibius[ORGN] AND NC_000889[LOCUS]";
$query_obj = Bio::DB::Query::GenBank->new(-db => 'nucleotide', -query => $query );
$gb_obj = Bio::DB::GenBank->new;
$stream_obj = $gb_obj->get_Stream_by_query($query_obj);
while ($seq_obj = $stream_obj->next_seq) {
print $seq_obj->display_id, "\t", $seq_obj->length, "\n";
}